Habitado inicialmente por indígenas, a partir de 1810 recebeu seus primeiros colonizadores (açorianos). Ganhou autonomia somente em 1992, quando se desmembrou de Barra Velha. Tem uma economia voltada principalmente para a agricultura e o abate de bovinos e ovinos, sendo por este motivo declarada a Capital Catarinense da Carne Bovina e Ovina pela Lei Estadual nº 16.328. A gastronomia local é um dos atrativos, com destaque para os produtos derivados de farinha de mandioca - biju, cuscuz, rosca - comercializados nas casas dos próprios produtores. Outros produtos típicos que podem ser encontrados são as conservas de hortaliças, os doces caseiros, os licores e as bananas passas. A festa do padroeiro da cidade, São João Batista, é realizada anualmente em junho, no final de semana mais próximo do dia 24. O município tem seis igrejas católicas: São João Batista, no Centro; Nossa Senhora Aparecida, no Porto do Itaperiú; Nossa Senhora das Graças, na Lagoinha; Santo Antônio, Santa Cruz e Santa Luzia, cada qual nas comunidades de mesmo nome. É banhado pelos rios da Bacia do Rio Itapocú, sendo o mais famoso deles o Itaperiú, que deu nome ao município. Fica a 140 km de Florianópolis, próximo à Rodovia BR-101. São João do Itaperiú faz parte da região turística Caminho dos Príncipes.